Формирование археологической коллекции музея началось уже в первые годы после его создания в 1823 г., в основном за счёт случайных находок.

В Алтайском государственном краеведческом музее хранится около 200 этнографических предметов, изготовленных из глины.

Нумизматическая коллекция Алтайского государственного краеведческого музея насчитывает почти 15 тысяч предметов и включает металлические монеты, в том числе из золота и серебра (собственно нумизматику), и бумажные денежные знаки и боны (бонистику).

Основу музейного фонда Михаила Тимофеевича Калашникова составляют предметы, переданные в дар известным оружейником в результате личных встреч с сотрудниками музея.

В Алтайском государственном краеведческом музее хранится около 500 предметов, изготовленных из фарфора и фаянса. Первый музейный предмет из фарфора – китайская ваза конца XIX – начала ХХ вв. – появился в 1900-е гг. Большинство предметов были переданы в дар музею частными лицами.

Формирование коллекции мебели началось со второй половины ХХ в. В фондах Алтайского государственного краеведческого музея хранится около 200 предметов мебели и внутреннего убранства, относящихся к середине XIX – ХХ вв.

Палеонтологическая коллекция Алтайского государственного краеведческого музея насчитывает почти 1000 предметов. В собрании отложились материалы, собранные в XIX в. С.И. Гуляевым и Н.С. Гуляевым, известными исследователями Алтая.