Во второй половине ХIХ в. Барнаульский музей по-прежнему действовал как учебный. Учащиеся Горного училища на полевых практических занятиях по геологии составляли минералогические коллекции, которые передавали в музей, занимались описанием коллекций музея. Музейные модели были объектами для занятий черчением. Многие модели, изготовленные учениками Барнаульского училища, в свою очередь поступали в фонды музея. Приборы и инструменты, которые хранились в музее, использовали в училище на занятиях физикой, химией и геодезией. С 1864 г. училище, библиотека и музей находились в одном здании.
Горный музей полностью оправдывал своё название - он выступал хранилищем образцов, собранных изыскательскими партиями на территории Алтайского горного округа. Горные инженеры, работники заводов обращались к этому собранию при планировании и организации горных работ. В музей поступали модели действующих на рудниках и приисках механизмов, которые использовали при проектировании новых машин. Кроме того, в музее хранились различные эталонные изделия, например, образцы изготавливавшихся на заводах разновесов.
Во второй половине ХIХ в. наиболее активно пополнялось минералогическое собрание, куда поступали минералы, собранные как на территории Алтайского горного округа, так и в других районах России и Западной Европы. В то же время, Барнаульский музей принимал участие в формировании минералогических коллекций и для других музеев и учреждений.
К концу ХIХ в. на Алтае были закрыты горные заводы и рудники. Ранее имевший громкую известность, Барнаульский музей начал приходить в упадок. Поступление экспонатов почти прекратилось. Коллекции были рассредоточены по нескольким зданиям, многие экспонаты были утрачены.
Предлагаем вам более детально познакомиться с деятельностью музея в этот исторический период:
Зима 1856-1857 гг. С коллекциями музея работал Пётр Петрович Семенов-Тян-Шанский: «День проходил в разборе собранных мной богатых ботанических и геологических коллекций, в подробном осмотре и изучении предметов Барнаульского музея».
Октябрь 1861 г. Мебель и коллекции переносят в новое здание музея, выстроенное на Демидовской площади. Ныне - Пушкинская, 82.
11-23 июня 1876 г. В музее работал Альфред Брем – немецкий зоолог. Из дневника учёного: «…с пониманием дела заложена коллекция гнёзд и завещанная музею одним из здешних врачей (Фридриха Вильгельмовича Геблера) коллекция бабочек…».
1879 г. Барнаульский музей участвовал в Московской Антропологической выставке с археологическими и этнографическими коллекциями и за представленные на выставке экспонаты по древней истории был награждён от оргкомитета серебряной медалью.
1880 г. С разрешения Кабинета Его Императорского Величества экспонировавшиеся на Московской антропологической выставке два серебряных сосуда из Гурьевска и ряд других предметов были оставлены в Москве для создававшегося этнографического музея.
1883 г. Для работы «…по приведению в порядок» библиотеки и музея был приглашён бывший классный наставник Томского реального училища Василий Аполлонович Геблер.
1 января 1891 г. По инвентарным книгам в Барнаульском музее значатся коллекции: модельная – 84 предмета; минералогическая – 6855 предметов; зоологическая – 522 предмета; палеонтологическая коллекция; собрание физических и других инструментов – 73 предмета; собрание образцов железа и стали и другие.
7 марта 1893 г. В музее работал действительный член ИРГО князь Николай Сергеевич Голицын.
1895 г. Решено переместить музей в другое здание, расположенное на территории Барнаульского сереброплавильного завода.